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Bevor ich in dem ellenlangen Script suche, was ihr denn geändert habt, wäre es nett, wenn du diese Einstellung(en) einfach mal posten hier posten würdest.

Nun ja, meine ursprüngliche Vermutung hast du somit auch indirekt bestätigt:
" Ich denke, es liegt auch nicht an der Datenbank, sondern an den vielen kleinen Dateien, die beim Mandantenwechsel mit übertragen werden..."

Ich bin kein Netzwerker und kenne nicht die Bestandteile eines TCP-Stacks,

aber hier die Kommentare zu den Einstellungen:

DISABLE PACKET COALESCING FILTER ON WINDOWS TCP-STACK
DISABLE RECEIVE SIDE SCALING ON WINDOWS TCP-STACK
DISABLE RECEIVE SEGMENT COALESCING ON WINDOWS TCP-STACK
OPTIMIZE TCP CONGESTION CONTROL
REMOVE TCP CONNECTION LIMIT
DISABLE RSS ON ALL NIC's
DISABLE RSC-IPv4 FOR ALL NIC's
DISABLE RSC-IPv6 FOR ALL NIC's
DISABLE FLOW CONTROL ON ALL NIC's
DISABLE INTERRUPT MODERATION ON ALL NIC's
DISABLE ENERGY-EFFICIENT-ETHERNET ON ALL NIC's
OPTIMIZE RECEIVE-BUFFERS ON ALL NIC's
OPTIMIZE TRANSMIT-BUFFERS ON ALL NIC's
OPTIMIZE TCPACKFREQUENCY
OPTIMIZE TCPDELAY